يعتبر قسم العيون بالمركز الليبيى السويسرى من اكثر الاقسام تميزا بالمركز حيث يقدم الخدمات بالقسم نخبة من الاستشاريين والاساتدة مستعينين فى عملهم الدقيق باجهزة على اعلى مستوى لما توصل اليه العلم من تقنية حيث يوجد وحدة كشف متكاملة لفحص  العين وتحديد الاخطاء البصرية بجهاز الكومبيوتر بكل دقة وايضا فى سهولة ويسر .

يضم القسم العديد من العيادات التخصصية الخاصة بامراض العيون منها :

• عيادة الماء الابيض : تمكنا بفضل الله علينا توفير جهاز الموجات الفوق صوتية لقياس دقيق لقوة العدسة المراد زرعها بداخل العين بعد ازالة الماء الابيض وايضا جهاز جخاز ) الياج( ليزر الخاص بتنظيف الترسبات التى قد تترسب على العدسة المزروعة.

•  عيادة امراض الشبكية :  ويعتبر توفير جهاز الموجات الفوق صوتية وجهاز تصوير شبكية العين بالمادة الصبغية واجهزة اشعة الليزر المختلفة الانواع والوظائف اهم عون للاستشارى لتقييم وعلاج امراض الشبكية ومن اهمها مرض السكرى وانسداد الشرايين والاوردة بشبكية العين .

• عيادة الماء الازرق : يوجد أيضا وحدة التشخيص والعلاج الغير جراحى لمرض الماء الازرق المتمثل فى جهاز قياس ضغط العين وجهاز تخطيط مجال الرؤية المبرمج بالتقنية الرقمية وجهاز الليزر الدى تتناسب دقته ودقة العمل المطلوب .

• عيادة مرض الحول : وفيما يخص مرض الحول فيوجد العديد من الأجهزة الدقيقة التى تساعد فى التشخيص الدقيق لدرجة ونوع الحول وكدلك تقييم أسباب ضعف النظر المصاحب له لتتكامل الصورة عند التدحل الجراحى مهيئة له ظروف النجاح بعون الله .

حيث يقوم الاستشاريين بالعديد من العمليات الغير إيوائية والايوائية وقد تم البدء بالعمل بغرفة العمليات الجراحية التى تطابق أعلى المواصفات الاوروبية .